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Las primeras fueron la de París, en Francia, (1215), la cual estaba bajo la protección del Papa Inocencio III, la de Bolonia, en Italia y posteriormente la de Oxford en Inglaterra.
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A partir de 1130 se añadió la "Logica nova" a la "Logica vetus", con la traducción de Jacobo de Venecia de los escritos "Analytica priora", "Analytica posteriora", "Topica" y "De sophisticis elenchis", logrando así la totalidad del "Organum aristotélico".
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La obra de este filósofo entra en la Universidad de París alrededor del año 1200.
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Escriturista, teólogo y predicador, fue el primero en ver la necesidad de una sólida preparación teológica de los hermanos menores.
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La denominación de universitas se encuentra por primera vez en un documento de Inocencio III.
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De las primeras universidades fundadas en Europa.
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Los hermanos menores ya tenían tres grandes estudios universitarios, París, Oxford y Bolonia.
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Al ingresar a la orden, Alejandro atrae a numerosos estudiantes, entre ellos Juan de Rochele, Eudes Rigaud, William de Melitón y San Buenaventura.
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Se añaden los tratados sobre física, metafísica, psicología y ética, encontramos que hacía el 1250 se conocía casi la totalidad de la obra filosófica de Aristóteles.
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Para el año 1250 ya se contaba con 50 estudios teológicos
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Dió al franciscanismo un gran positivismo u optimismo frente al conocimiento, al establecer que todo hombre tiene en sí la iluminación o capacidad interior para conocer la verdad, a la cual llamó "prinicipio frontal de la iluminación cognoscitiva".
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El siglo XIII es el siglo de las corporaciones, de los gremios, de los municipios y de los grupos que tienen los mismos intereses económicos. Las ciudades demuestran un gran dinamismo en la vida económica, cultural y religiosa y un fuerte deseo de autonomía y de emancipación tanto del poder del Emperador como del Papa. Es la época del fracaso de Federico II en su tentativa por la restauración imperial.
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Históricamente la iniciación del proyecto moderno se puede ubicar entre los siglos XV y XVIII incluyendo el renacimiento e inicios del siglo XIX. Durante estos siglos el desprenderse de lo tradicional resultó de vital importancia para el desarrollo humano, apareciendo ideas como las del liberalismo, el utilitarismo, el pragmatismo, etc.
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Historiador de Colombia afirma que la Orden Franciscana fue la fundadora de la pedagogía en el nuevo mundo , a través del hermano franciscano Fr. Pedro de Gante, en la ciudad de Texcoco.
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En el Colegio de Santa Cruz de Tlatelolco, ya se enseñaba latín, además de dar varios cursos de lógica, filosofía y medicina.
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En una carta el mismo Zumárraga, dice al arzobispo que es principal en el apoyo de la obra educativa de Fray Pedro de Gante y los otros franciscanos educadores.
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Fundación del primer colegio-seminario de la Colonia en Santa Fe en Bogotá, por iniciativa de Fray Luis Zapata de Cárdenas.
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A fines del siglo XV y principios del siglo XVI, llegaron al nuevo mundo cientos de franciscanos que con la orientación espiritual de pensamiento y de acción, ejercieron actividad pedagógica en América.
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Se establecen formalmente en el convenio de la purificación de Bogotá los estudios de filosofía y teología.
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Los franciscanos comienzan sus estudios en Colombia alrededor de las primeras décadas del siglo XVII, finalizando con la fundación del Colegio Mayor de San Buenaventura.
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La corriente ilustrada reforma el pensar del ser humano, invitando al libre pensamiento y amenazando la Universidad colonial. En lo referente a América, los reyes borbónicos impulsaron la ilustración en Colombia, en especial Carlos III, a este periodo se le llama universidad Bornónica.
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La Universidad colombiana de esta época corresponde al movimiento iniciado en Argentina (universidad de Córdoba), el cual aboga por un espíritu nuevo de reflexión social.
Sobre las dos primeras décadas del siglo pasado, las ideas liberales orientaron el ejercicio de la docencia y la discencia universitaria. -
El colegio mayor de san buenaventura, cambia de nombre a Universidad de San buenaventura.
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Se conforma la universidad en Colombia de acuerdo al marco histórico a fines del siglo XX y principios del siglo XXI.