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Por órdenes del arzobispo primado de España, Alonso de Fonseca y Ulloa, y a petición del gobernante novohispano Hernán Cortés, arribaron a la Nueva España el 19 de enero de 1523 tres franciscanos, dirigidos por Pedro de Gante, Juan de Tecto y Juan de Aora, pertenecientes a la alta sociedad castellana. Dicha órden fundó hospitales y escuelas, establecieron conventos, iglesias, colegios en los cuales enseñaron artes y oficios a los nativos tanto en lengua castellana como en Náhuatl.
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Llegaron hacia 1526 y establecieron sus misiones en Oaxaca y Chiapas. Bartolomé de las Casas presidió esta organización religiosa durante su estancia en Nueva España, y en 1542 escribió al rey informándole acerca de la situación de los indígenas en la Nueva España, cartas que más tarde recopiló en su obra "Brevísima relación de la destrucción de las Indias". Francisco de Vitoria, también dominico, sería también conocido por su defensa de los amerindios.
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Se genera, en el año 1532, la primera fundación de la Villa de Guadalajara en Nochistlán, territorio que actualmente se encuentra en el estado de Zacatecas.
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Los agustinos fueron la tercera orden en importancia, llegada en 1533 y extendida por la Mixteca y el Estado de Guerrero, pero más tarde lograron su expansión por la Huasteca de San Luis Potosí y Veracruz, unos años después a Michoacán. Entre otros, se destacaron Francisco de la Cruz, Agustín de la Coruña y Jerónimo Jiménez. A base de donativos, la orden se hizo de grandes propiedades que a la postre se convirtieron en haciendas y latifundios.
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Se opta por una segunda reubicación de lo que sería la Villa de Guadalajara, pero esta vez en el territorio de Tonalá.
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Se optó por la tercera reubicación de lo que sería la sede de la Villa de Guadalajara, en el territorio de Tlacotán debido a los constantes ataques de los indígenas belicosos.
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La Corona española concede el título de la ciudad de Guadalajara, así como escudo de armas. Lo anterior se efectuó para asentar al poblado en el Valle de Atemajac, lugar en el que se fundó definitivamente la ciudad el 14 de febrero con la presencia de Cristóbal de Oñate como gobernador de la Nueva Galicia y de don Antonio de Mendoza, entonces virrey de la Nueva España, quienes nombraron a Miguel de Ibarra alcalde mayor y teniente de gobernador.
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El hospital se fundó en el año de 1553, sin embargo, cuatro años después la cofradía de la Santa Vera Cruz establece la capilla dedicada a la Santa Vera Cruz el 29 de marzo de 1557 y a lado de esta levantan el hospital con permiso en sede vacante del cabildo (Ibídem: 259 y 170), para el sostenimiento del nosocomio los propios cofrades se comprometieron a financiarlo por cuenta propia, así pues nacía y comenzaba su andar el primer hospital para la ciudad de Guadalajara.
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La Audiencia y Cancillería Real de Guadalajara o de Nueva Galicia fue el más alto tribunal de la Corona española en el territorio de Nueva Galicia del Virreinato de Nueva España y estaba subordinado a la Real Audiencia de México. Fue establecida el 13 de febrero de 1548 en Compostela, siendo trasladada a Guadalajara en 1560 de manera definitiva para ejercer funciones políticas, Administrativas, Judiciales y de Gobierno.
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Extensión del nuevo Obispado, se desmembraron sucesivamente de su territorio los siguientes obispados: Durango, Linares, Sonora, San Luis Potosí, Tamaulipas, Zacatecas, Colima, Sinaloa, Chihuahua, Saltillo, Tepic y Aguascalientes en la república mexicana y hasta 1899; y Los Angeles, Santa Fe, San Francisco, Tucson, Corpus Christi, Sacramento, Denver, Dallas, Salt Lake, El Paso, Monterrey-Fresno, Amarillo, San Antonio, Reno, San Diego, Gallup, Pueblo y Galveston, en Estados Unidos.
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Su historia inicia desde 1561 cuando inicia su construcción por Felipe II Rey de España y por consiguiente Virrey de la antigua Nueva Galicia. El Alarífe Martín Casillas fue el constructor de este majestuoso edificio en su proyecto inicial.
La primera catedral de Guadalajara se construyó frente al Teatro Degollado en 1549, a 4 cuadras de su sitio actual. En 1541 fue decretada diócesis de Nueva Galicia. -
Misionaron en las lenguas nativas y tuvieron que aprender náhuatl, otomí, tarasco, huasteco, pirinda, totonaco, mixteco, chichimeca, tlapaneca y ocuilteca.Tal necesidad los motivó a confeccionar muy pronto un plan catequístico bien definido y apropiado a las regiones de su actividad apostólica. Además de la fecunda labor de conversión, enseñaron a los indígenas agricultura, oficios útiles para la construcción y les enseñaban a leer, escribir, contar y cantar.
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Integración de Analco, Mezquitán y Mexicaltzingo, con lo cual la nueva metrópoli aumentó su demografía, lo cual indicaba tanto el crecimiento económico, comercial y administrativo. Dicho esto, la nueva expansión territorial fue motivo para la inmigración hacia Guadalajara, lo cual contribuyó que la concentración poblacional generara un nuevo foco que estaría en constante crecimiento en conjunto tanto con indígenas, mestizos, criollos y españoles.
