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En 1478, los Reyes Católicos instituyeron el Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición de España para lograr la Unidad Religiosa.
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El descubrimiento de América ocurrió el viernes 12 de octubre de 1492 cuando una expedición española formada por tres barcos llamados La Niña, la Pinta, y la Santa María y comandada por Cristóbal Colón, cruzó el Océano Atlántico y llegó por primera vez a América.
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A veinticinco años del descubrimiento de América, el gobernador de Cuba, Diego Velázquez, promovió expediciones hacia el Oeste para buscar oro. En 1517, zarpó una primera expedición a cargo de Francisco Hernández de Córdoba, quien con 3 naves y más de 100 hombres llego a Isla Mujeres y desembarco en Cabo Catoche.
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En febrero de 1519, sin el control de Velázquez, partió de Cuba una nueva expedición comandada por Hernán Cortes. Esta contaba con 11 Barcos, 4 capitanes, 508 soldados, 16 caballos, y 4 cañones.
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El 10 de julio de 1519, se funda la Villa Rica de la Vera Cruz y se convierte en el Primer Ayuntamiento de América continental y la primera ciudad fundada por europeos en toda América Continental. Sus primeros alcaldes fueron Francisco de Montejo y Alonso Hernández de Portocarrero.
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El 8 de noviembre de 1519, Hernán Cortes llega a Tenochtitlan. Moctezuma II salió a su encuentro y ambos intercambiaron regalos.
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Hernán Cortes regreso el 24 de junio de 1520. Hablo con Moctezuma II para que calmara la población, pero no lo logro. Cuitláhuac, liberado de la prisión española, opto por guerrear. Al día siguiente la ciudad estaba en armas.
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Las islas Filipinas fueron descubiertas por Hernando de Magallanes en 1521. El nombre de Filipinas les fue dado por otro navegante español llamado Villalobos, en honor del príncipe de Asturias, que había de ser Felipe II.
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El 13 de agosto de 1521, Cuauhtémoc fue hecho prisionero y la ciudad fue conquistada.
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En 1523, los franciscanos establecieron sus conventos en Texcoco, Tlaxcala y Huejotzingo; después fundaron los monasterios de Cuernavaca, Tlalmanalco y Toluca. El benefactor fray Pedro de Gante perteneció a esta congregación.
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Hacia 1526, los dominicos establecieron su obre en los lugares mencionados, además, llegaron a Oaxaca y Chiapas. De entre ellos destacaron Bartolomé de las Casas y Domingo de Betanzos.
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La Audiencia tenía funciones gubernativas, administrativas y judiciales. La estructura de la Audiencia estaba integrada por un presidente y cuatro oidores. El presidente de la Primera Audiencia en la Nueva España fue Nuño de Guzmán .Entre los encargos a resolver por la Primera Audiencia se consideró fijar los límites de los territorios conquistados y por colonizar y la catequización de la población indígena.
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La fundación de Puebla que originalmente se llamó Ciudad de los Ángeles, poco después Puebla de los Ángeles y actualmente la ciudad de Puebla de Zaragoza, se efectuó el año de 1531, en el marco de la conquista y colonización del Nuevo Mundo.
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Los agustinos arribaron en 1533 y encontraron regiones enteras ocupadas por sus antecesores, por lo que se dispersaron hacia las zonas otomíes y matlatzincas del México central, las sierras de Hidalgo y Puebla, y algunas regiones de Michoacán.
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La Casa de Moneda fue fundada en 1535 por el virrey Antonio de Mendoza. Sus instalaciones en las que se conocían como Casa viejas de Moctezuma. Despues se traslado a un edificio adosado al Palacio Virreinal.
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Para 1535 Antonio de Mendoza y Pacheco sería nombrado primer Virrey de Nueva España. El papel del Virrey, además de ser un representante directo de la corona española, consistía en la organización política y defensa del territorio, acompañado de otros actores políticos como los gobernadores de las provincias y los ayuntamientos. A la llegada de este primer Virrey, llega la primera imprenta a México, y la construcción de escuelas.
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En 1536, el virrey introdujo la imprenta con la que se editaron los primeros libros en Nueva España.
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En 1536, en favor a la educación, Antonio de Mendoza estableció el colegio para indígenas de Santa Cruz de Tlatelolco y fundó la Pontifica Universidad de México
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En 1536, al mismo tiempo que que se establecio e colegio para indigenas de Santa Cruz, su fundo la Pontificia Universidad de México, hoy conocida como la Universidad Nacional Autonoma de México (UNAM).
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En 1539, nació la ciudad de Guadalajara como centro de una región agrícola que abastecería ciudades como Zacatecas.
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En 1545, los indigenas sufrieron una segunda gran epidemia, se cree que fue de sarampion, la cual causo el abandono de pueblos y tierras de labranza, ademas de la muerte de un gran numero de indigenas.
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El descubrimiento más importante de vetas de plata en la Nueva España ocurrió en 1546, cuando un grupo dirigido por Juan de Tolosa llegó hasta el cerro de la Bufa, en territorio de los zacatecos. Cuatro años después, Vázquez de Mercado hizo la primera entrada militar hacia el noroeste de las minas de Zacatecas, comprobando la existencia de otros veneros del codiciado mineral en Ranchos, Chalchihuites, San Martín, Sombrerete y Avino.
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Se establece el Tribunal del Santo Oficio en México.
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En 1572, llegaron los jesuitas, quienes se dedicaban a la enseñanza superior. Fundaron Colegios en las ciudades de ascendencia española. Su influencia se extendio por el norte y noroeste de Nueva España.
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En 1592, se estableció el Consulado de Comerciantes de la Ciudad de México, este poderoso gremio fue integrado por un superior religioso, y dos cónsules electos por los comerciantes.