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Se conservó el sistema presidencialista y la división de las funciones administrativas en ministerios llamados Secretarías de despacho; se puso en práctica la creación de las secretarías. Esto último se llevó a cabo mediante decreto del 23 de febrero de 1861 en donde se conservó la división de los ministerios en 6, que fueron llamados «Secretarías de Estado y de Despacho» y conservaron sus mismas funciones aunque con los títulos ligeramente modificados.
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Se decide agregar un nuevo ministerio "de Fomento, Colonización, Industria y Comercio" se separa nuevamente las funciones de gobierno interno y relaciones diplomáticas y se deposita en el “Ministerio de Gobernación” y el “Ministerio de Relaciones Exteriores”. El "Ministerio de Hacienda" fue nombrado por primera vez como "Ministerio de Hacienda y Crédito Público". Se otorga autonomía jurisdiccional en materia administrativa mediante la Ley para el Arreglo de lo Contencioso Administrativo.
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Se repite el modelo de cuatro ministerios, pero la denominación del "Ministerio de Instrucción Pública e Industria" por el de "Ministerio de Justicia e Instrucción Pública". Luego, las Bases orgánicas de 1843 aumentarías las denominaciones y las funciones de los ministerios; quedando: Ministerio de Relaciones Exteriores, Gobernación y Policía; Ministerio de Justicia, Negocios Eclesiásticos, Instrucción pública e Industria; Ministerio de Hacienda; y el Ministerio de Guerra y Marina.
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México se convierte en una república centralista, instauró como órgano supremo en el ejercicio político y administrativo del país al Supremo Poder Conservador un órgano colegiado integrado por cinco personas, que tenía superioridad jerárquica sobre los tres poderes, incluso del ejecutivo, el cual, permanecía a cargo de un presidente.
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Promulgación de la primera constitución, teniendo como característica principal la concentración de las facultades y atribuciones en el Congreso con relación con el Poder Ejecutivo.
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Las Disposiciones, Órdenes o Instrucciones, dadas por el rey y su Consejo a sus representantes en la Nueva España, donde es posible establecer el diagnóstico de determinados ramos de la administración virreinal, los problemas más urgentes por atender y las recomendaciones pertinentes para tratar de solucionarlos. La estructura de la administración pública se integró por 4 ministerios: a)Relaciones Exteriores e Interiores; b) Justicia y Negocios Eclesiásticos; c) Hacienda, y d) Guerra y Marina.
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